De entree ligt tegenwoordig centraal tussen beide panden in. In de hoge glazen ontvangstruimte wordt de ruimtelijke opzet van het museum duidelijk. Aan beide zijden zijn de voormalige buitenwanden opengewerkt waardoor je beide panden in kunt kijken. Open trappen en bruggen in de hoge ruimte vormen fysieke verbindingen tussen beide. In de tuin van het museum is een café toegevoegd
Broekbakema heeft in de oude panden logische en werkbare ruimtes gemaakt. Omdat een van de panden een Rijksmonument is veel van het interieur behouden. Oud en nieuw zijn tot in nieuwe harmonie samengebracht met respect voor de geschiedenis maar passend bij de eisen van deze tijd.
Het museum is goed aangepast aan de huidige maatstaven voor musea, publiek en medewerkers, met meer mogelijkheden voor educatie en beleving. Broekbakema heeft in het gehele museum het vaste meubilair ontworpen. Op verschillende plekken komen dezelfde elementen terug; zo hebben de rondgaande kastenwanden in de receptieruimte en het museumcafé een duidelijke link met elkaar, evenals de met Corian beklede counters. De lounge is geheel bekleed met gestoffeerde panelen en heeft hierdoor een intieme sfeer gekregen.
De inrichting van de expositieruimten is ontworpen door Bureau Tjep uit Amsterdam. Aan de straat markeert een matglazen zuil op een hardstenen sokkel de entree van het museum. Het oorspronkelijke tuinhek vóór het rijksmonument is gerestaureerd. Hiervan afgeleid is een nieuw hek ontworpen voor het naastgelegen pand. In dit hek – ook wel Taxhek genoemd - is een dichtregel van Jules Deelder verwerkt: “de belastingplicht is ons aller recht”.
