Het ontwerp van het museum past perfect bij de inhoud van het museum. De vier aaneengeschakelde, speelse puntdaken lijken vanaf de zee als golven boven de dijk uit te steken. De houten gevel van Kaap Skil illustreert de eeuwenoude traditie van Texelaren om wrakhout te hergebruiken, aangezien de lamellen gemaakt zijn van verzaagde hardhouten damwanden uit het Noord-Hollandse Kanaal. De buitenkant van het gebouw is indrukwekkend, maar zo ook de binnenkant.
Binnenin het gebouw is een scheiding gemaakt tussen de wereld van de Reede van Texel en de wereld van onderwaterarcheologie. In de Reede van Texel is goed gebruikt gemaakt van het invallende daglicht dat als een strak lijnenspel binnenvalt op de lichte vloer die door Bolidt is gelegd. Het is een prachtig licht geheel geworden dat veel karakter uitstraalt. In de wereld van de onderwaterarcheologie is gebruik gemaakt van kunstlicht waardoor het souterrain een intieme en mysterieuze uitstraling krijgt.