De Waterlelie staat op een parkeerkelder die tegelijk een plint vormt waardoor het gebouw zich boven het maaiveld verheft. De architecten hebben van de gelegenheid gebruik gemaakt om enkele begane grondwoningen van een souterrain te voorzien. De overige woningen zijn over één laag georganiseerd.
De twee patiogebouwen hebben elk een grondvlak van dertig bij dertig meter. Daarin is een onderverdeling aangebracht van negen vierkanten van elk bij tien bij tien meter. De middelste is bestemd voor de patio en de ontsluiting, de overige acht herbergen de woningen. Op elke verdieping zijn hierdoor vier hoekwoningen met een tweezijdige oriëntatie en vier tussen woningen met een enkelzijdige oriëntatie.
Door de beukmaat van tien bij tien meter zijn verschillende plattegronden ontwikkeld, afhankelijk van de oriëntatie en de ligging ten opzichte van de zon. Ongeacht hun oriëntatie hebben alle appartementen een groot balkon gekregen.
De Waterlelie is met veel aandacht gematerialiseerd en gedetailleerd. De wanden van de patio's (en daarmee de binnengevels van de tussenwoningen) zijn bekleed met verticaal houten planken die op een vaste afstand van elkaar zijn aangebracht. Deze planken lopen voor de keukenramen langs en schermen zo de woningen af van de circulatieruimte, maar laten nog wel licht toe in de woningen.
