Het ziekenhuis maakt deel uit van Universitair Medisch Centrum Utrecht. Beide gebouwen zijn door een tunnel met elkaar verbonden. Toch heeft het Wilhelmina Kinderziekenhuis een eigen identiteit en uitstraling zowel organisatorisch als fysiek. Het complex bestaat uit drie bouwvolumes, die in vorm en materiaal- en kleurgebruik van elkaar verschillen.
Kindvriendelijkheid was voor ons een belangrijk uitgangspunt. Zo heeft het ziekenhuis een kindertheatercafé, een daktuin en een ziekenhuisschool. Ook de centrale hal is vormgegeven vanuit de fantasie van een kind: met een plafond van gekantelde ijsschotsen, een woud aan schuine pijlers die een hangende tuin ondersteunen en een koperen balie vormgegeven als de duikboot van kapitein Nemo. Er worden ook volwassenen in het ziekenhuis behandeld: aanstaande moeders hebben er een eigen afdeling Verloskunde en er is een uitgebreide afdeling Psychiatrie waar ook ouders terecht kunnen. Daarbij bevindt zich op het dak van de centrale hal het Ronald McDonald Huis, waar families van zieke kinderen zich kunnen terugtrekken. Kortom een veilige haven voor de meest kwetsbare kinderen, waar professionele zorg geboden wordt in een omgeving waarin ook volwassenen zich thuis voelen.